Mở Phòng Khám Phải Nộp Thuế Gì? Các Khoản Cần Biết

Posted on by Royal Palace Design
Mở phòng khám phải nộp thuế gì? Các khoản thuế chủ đầu tư cần biết
22
Th8
5/5 - (7 bình chọn)

Mở Phòng Khám Phải Nộp Thuế Gì? Các Khoản Thuế Phòng Khám Tư Nhân Phải Chịu

Bên cạnh giấy phép hoạt động, nhân sự chuyên môn và cơ sở vật chất, nghĩa vụ thuế là vấn đề chủ đầu tư cần chuẩn bị trước khi đưa phòng khám vào vận hành. Việc xác định mở phòng khám phải nộp thuế gì phụ thuộc vào hình thức đăng ký kinh doanh, doanh thu, loại dịch vụ và những hoạt động phát sinh tại cơ sở.

Phòng khám đăng ký theo mô hình hộ kinh doanh sẽ có cách kê khai khác với phòng khám hoạt động dưới hình thức doanh nghiệp. Nếu cơ sở vừa khám chữa bệnh, vừa bán thuốc, mỹ phẩm hoặc sản phẩm chăm sóc sức khỏe thì từng nguồn doanh thu cũng phải được phân loại để áp dụng chính sách thuế phù hợp.

Mở phòng khám phải nộp thuế gì?

Khi tìm hiểu mở phòng khám phải nộp thuế gì, chủ đầu tư cần quan tâm đến các nghĩa vụ chính sau:

  1. Thuế giá trị gia tăng;

  2. Thuế thu nhập cá nhân đối với hộ kinh doanh

  3. Thuế thu nhập doanh nghiệp đối với công ty;

  4. Thuế thu nhập cá nhân của người lao động;

  5. Thuế phát sinh từ hoạt động bán thuốc, mỹ phẩm hoặc sản phẩm;

  6. Nghĩa vụ sử dụng hóa đơn điện tử;

  7. Nghĩa vụ thuế phát sinh từ việc thuê mặt bằng

Từ ngày 1/1/2026, tổ chức, doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh không còn phải nộp lệ phí môn bài theo Nghị quyết số 198/2025/QH15. Vì vậy, những nội dung vẫn liệt kê lệ phí môn bài là khoản phải nộp hằng năm có thể đang áp dụng quy định cũ tham khảo Báo Điện tử Chính phủ.

1. Thuế giá trị gia tăng đối với dịch vụ khám chữa bệnh

Một trong những nội dung quan trọng khi xác định mở phòng khám phải nộp thuế gì là phân biệt dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng với hàng hóa, dịch vụ thuộc diện chịu thuế.

Dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh và phòng bệnh cho người thuộc nhóm không chịu thuế giá trị gia tăng nếu được thực hiện đúng phạm vi chuyên môn và quy định pháp luật.

Tuy nhiên, không phải toàn bộ doanh thu phát sinh trong phòng khám đều mặc nhiên không chịu thuế. Nếu cơ sở cung cấp thêm dịch vụ làm đẹp thông thường, bán thuốc riêng, kinh doanh mỹ phẩm, thực phẩm bổ sung hoặc sản phẩm chăm sóc sức khỏe thì phải tách doanh thu để xác định thuế suất tương ứng.

Chủ đầu tư cần lưu ý: “không chịu thuế giá trị gia tăng” không đồng nghĩa với việc phòng khám được miễn mọi loại thuế. Phần thu nhập tạo ra từ hoạt động kinh doanh vẫn có thể được sử dụng để xác định thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc thuế thu nhập cá nhân.

Hóa đơn giá trị gia tăng
Hóa đơn giá trị gia tăng

2. Thuế thu nhập cá nhân đối với hộ kinh doanh

Nếu phòng khám đăng ký theo hình thức hộ kinh doanh, chủ cơ sở cần quan tâm đến thuế thu nhập cá nhân từ hoạt động kinh doanh.

Khi xác định mở phòng khám phải nộp thuế gì, cần căn cứ vào tổng doanh thu thực tế phát sinh trong năm, không chỉ dựa vào lợi nhuận chủ phòng khám thu về.

Từ ngày 1/1/2026, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh có doanh thu từ 1 tỷ đồng/năm trở xuống không phải nộp thuế GTGT và thuế thu nhập cá nhân từ hoạt động kinh doanh.

Ngưỡng doanh thu này được nâng từ 500 triệu đồng lên 1 tỷ đồng theo Nghị định số 141/2026/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Nghị định số 68/2026/NĐ-CP. Tham Khảo Báo Điện tử Chính phủ.

Nếu doanh thu vượt 1 tỷ đồng/năm, hộ kinh doanh phải kê khai và xác định thuế theo doanh thu thực tế, lĩnh vực kinh doanh và phương pháp tính thuế được áp dụng.

Một thay đổi quan trọng khác là từ năm 2026, hộ kinh doanh không còn áp dụng phương pháp thuế khoán mà chuyển sang tự kê khai, nộp thuế theo doanh thu thực tế.

Ngay cả khi doanh thu chưa vượt ngưỡng phải nộp thuế, phòng khám vẫn phải quản lý sổ sách, chứng từ và thực hiện việc thông báo doanh thu theo quy định.

Tham khảo: Tiêu chuẩn thiết kế phòng khám đạt chuẩn Bộ Y Tế

3. Thuế thu nhập doanh nghiệp đối với công ty

Nếu phòng khám hoạt động dưới hình thức công ty, thuế thu nhập doanh nghiệp là khoản quan trọng trong câu trả lời cho vấn đề mở phòng khám phải nộp thuế gì.

Thuế thu nhập doanh nghiệp được tính dựa trên thu nhập chịu thuế, không tính trực tiếp trên toàn bộ doanh thu. Có thể hiểu theo công thức cơ bản:

Thu nhập chịu thuế = Doanh thu – Chi phí hợp lệ và các khoản điều chỉnh theo quy định.

Các mức thuế suất cần lưu ý gồm:

  • Thuế suất 15% áp dụng với doanh nghiệp đáp ứng điều kiện và có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng;
  • Thuế suất 17% áp dụng với doanh nghiệp đáp ứng điều kiện và có tổng doanh thu trên 3 tỷ đồng đến không quá 50 tỷ đồng;
  • Thuế suất phổ thông 20% áp dụng đối với trường hợp không thuộc nhóm được hưởng mức thuế suất thấp hơn.

Thuế suất thu nhập doanh nghiệp 15%

Để các khoản chi được xem xét khi tính thu nhập chịu thuế, phòng khám cần lưu trữ đầy đủ hợp đồng, hóa đơn và chứng từ thanh toán đối với:

  • Chi phí thuê mặt bằng;
  • Chi phí thiết kế và thi công;
  • Chi phí mua thiết bị y tế;
  • Chi phí mua thuốc và vật tư;
  • Tiền lương và thù lao;
  • Chi phí quảng cáo, vận hành;
  • Chi phí điện, nước và dịch vụ khác.

Chi phí có phát sinh thực tế nhưng thiếu hóa đơn hoặc chứng từ hợp lệ có thể không được chấp nhận khi tính thuế.

4. Thuế thu nhập cá nhân của người lao động

Bên cạnh thuế của chủ phòng khám, khi tìm hiểu mở phòng khám phải nộp thuế gì, cơ sở còn phải quan tâm đến trách nhiệm khấu trừ và kê khai thuế thu nhập cá nhân cho người lao động.

Nhân sự tại phòng khám có thể bao gồm:

  • Người chịu trách nhiệm chuyên môn kỹ thuật;
  • Bác sĩ làm việc toàn thời gian;
  • Bác sĩ cộng tác hoặc làm việc theo ca;
  • Điều dưỡng và kỹ thuật viên;
  • Nhân viên tư vấn, lễ tân;
  • Nhân sự hành chính và vận hành.

Tùy theo loại hợp đồng, mức thu nhập và hình thức chi trả, phòng khám có trách nhiệm khấu trừ, kê khai hoặc quyết toán thuế thu nhập cá nhân theo quy định.

Đối với bác sĩ cộng tác và chuyên gia nhận thù lao theo từng lần, cơ sở cần có hợp đồng, chứng từ thanh toán và hồ sơ chuyên môn đầy đủ. Thuế thu nhập cá nhân của người lao động không phải chi phí thuế của phòng khám, nhưng phòng khám có trách nhiệm thực hiện khấu trừ và kê khai khi thuộc trường hợp pháp luật quy định.

5. Thuế phát sinh từ hoạt động bán thuốc, mỹ phẩm hoặc sản phẩm

Đây là một nhóm nghĩa vụ riêng và dễ bị kê khai sai. Vì vậy, câu trả lời cho vấn đề mở phòng khám phải nộp thuế gì không thể chỉ đề cập đến doanh thu khám chữa bệnh.

Thuế đối với hoạt động bán thuốc

Trường hợp thuốc nằm trong gói dịch vụ khám chữa bệnh và được sử dụng theo quy trình điều trị, khoản thu có thể được xác định cùng dịch vụ khám chữa bệnh.

Nếu phòng khám bán thuốc riêng ngoài gói điều trị, hoạt động này được xác định là bán hàng hóa.

Thuốc phòng bệnh và thuốc chữa bệnh thuộc nhóm áp dụng thuế suất GTGT 5%. Phòng khám phải xuất hóa đơn, quản lý nhập – xuất kho và ghi nhận riêng doanh thu bán thuốc. Tham Khảo hướng dẫn của Cổng Thông tin điện tử Chính phủ.

Thuế phát sinh từ hoạt động bán thuốc, mỹ phẩm hoặc sản phẩm
Thuế phát sinh từ hoạt động bán thuốc, mỹ phẩm hoặc sản phẩm

Tham khảo: Giấy phép hoạt động phòng khám gồm những gì? 7 lỗi thiết kế phòng khám cần tránh

Thuế đối với mỹ phẩm và sản phẩm

Mỹ phẩm, sản phẩm chăm sóc da, dầu gội, kem dưỡng hoặc hàng hóa làm đẹp thông thường không được mặc nhiên xem là thuốc chữa bệnh.

Thuế suất GTGT thông thường đối với hàng hóa, dịch vụ không thuộc nhóm áp dụng mức 0% hoặc 5% là 10%.

Trong thời gian thực hiện chính sách giảm thuế, hàng hóa đang chịu mức thuế suất 10% và không thuộc danh mục loại trừ có thể được áp dụng mức 8% từ ngày 1/7/2025 đến hết ngày 31/12/2026.

Việc áp dụng 8% hay 10% phải căn cứ vào loại sản phẩm, mã hàng và danh mục loại trừ. Phòng khám không nên áp dụng đồng loạt một mức thuế cho toàn bộ mỹ phẩm, thực phẩm bổ sung và sản phẩm chăm sóc sức khỏe. Tham Khảo hướng dẫn xác định hàng hóa được giảm thuế GTGT của Báo Chính Phủ

Ngoài thuế GTGT, thu nhập từ bán thuốc, mỹ phẩm và sản phẩm còn được tính khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc thuế thu nhập cá nhân từ kinh doanh.

6. Các khoản liên quan đến hóa đơn điện tử

Hóa đơn điện tử không phải một loại thuế, nhưng ảnh hưởng trực tiếp đến việc kê khai doanh thu và xác định mở phòng khám phải nộp thuế gì.

Phòng khám phải lập hóa đơn theo đúng thời điểm phát sinh giao dịch và phân loại chính xác nội dung trên hóa đơn. Doanh thu trên hóa đơn phải phù hợp với số liệu từ phần mềm quản lý, tài khoản ngân hàng, sổ thu ngân và hồ sơ khách hàng.

Từ năm 2026, hộ kinh doanh có doanh thu trên 1 tỷ đồng/năm phải sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.

Phòng khám cần cấu hình riêng các nhóm doanh thu:

  • Dịch vụ khám chữa bệnh không chịu thuế;
  • Thuốc áp dụng thuế suất 5%;
  • Mỹ phẩm hoặc sản phẩm áp dụng 8% hoặc 10%;
  • Các dịch vụ khác theo chính sách thuế tương ứng.

Xuất sai thuế suất, không lập hóa đơn hoặc để doanh thu thực tế không khớp dữ liệu kê khai có thể dẫn đến truy thu và xử phạt.

7. Nghĩa vụ tài chính phát sinh từ việc thuê mặt bằng

Thuế cho thuê tài sản về nguyên tắc là nghĩa vụ của bên cho thuê. Tuy nhiên, khi xác định mở phòng khám phải nộp thuế gì, chủ đầu tư vẫn cần kiểm tra kỹ hợp đồng thuê mặt bằng.

Nếu hợp đồng quy định giá thuê chưa bao gồm thuế và phòng khám có trách nhiệm kê khai, nộp thay cho chủ nhà thì cơ sở phải thực hiện đúng thỏa thuận.

Hồ sơ cần lưu trữ gồm:

  • Hợp đồng thuê mặt bằng;
  • Phụ lục hợp đồng;
  • Chứng từ thanh toán tiền thuê;
  • Hồ sơ kê khai thuế;
  • Chứng từ nộp thuế thay;
  • Biên bản bàn giao mặt bằng.

Các tài liệu này là căn cứ để xem xét đưa tiền thuê vào chi phí hợp lệ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.

Đối với cá nhân cho thuê tài sản, từ ngày 1/1/2026, doanh thu cho thuê từ 1 tỷ đồng/năm trở xuống không phải nộp thuế GTGT và thuế thu nhập cá nhân. Tuy nhiên, nghĩa vụ thông báo doanh thu và cung cấp thông tin theo quy định vẫn cần được thực hiện.

Nghĩa vụ thuế phát sinh từ việc thuê mặt bằng
Nghĩa vụ thuế phát sinh từ việc thuê mặt bằng

Lưu ý về lệ phí môn bài từ năm 2026

Khi tìm hiểu mở phòng khám phải nộp thuế gì, nhiều chủ đầu tư vẫn thấy lệ phí môn bài được liệt kê trong các bài viết cũ.

Tuy nhiên, từ ngày 1/1/2026, người nộp thuế không còn phải nộp lệ phí môn bài theo Nghị quyết số 198/2025/QH15.

Vì vậy, lệ phí môn bài không còn nằm trong 7 nhóm nghĩa vụ tài chính phải nộp hằng năm của phòng khám kể từ thời điểm này.

Kết luận

Không có một mức thuế chung áp dụng cho mọi phòng khám. Nghĩa vụ cụ thể phụ thuộc vào mô hình hộ kinh doanh hay công ty, doanh thu thực tế, loại dịch vụ và hoạt động bán hàng tại cơ sở.

Khi xác định mở phòng khám phải nộp thuế gì, chủ đầu tư cần kiểm tra đầy đủ cả 7 nhóm: thuế GTGT, thuế thu nhập cá nhân của hộ kinh doanh, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân của người lao động, thuế bán thuốc – mỹ phẩm – sản phẩm, hóa đơn điện tử và nghĩa vụ liên quan đến mặt bằng thuê.

Ngoài nghĩa vụ thuế, chủ đầu tư cũng cần đáp ứng các điều kiện cấp phép phòng khám về mặt bằng, nhân sự, thiết bị và phạm vi chuyên môn.

Nắm rõ mở phòng khám phải nộp thuế gì ngay từ giai đoạn chuẩn bị sẽ giúp phòng khám dự toán đúng chi phí, quản lý doanh thu minh bạch và hạn chế rủi ro khi kiểm tra hoặc quyết toán thuế.

Royal Palace Design

Để lại một bình luận

Email của bạn sẽ không được hiển thị công khai. Các trường bắt buộc được đánh dấu *